I denne øvelse skal I lave et script (dvs. ingen function header), opdelt i celler, som skal indlæse et dicom billede af en patient med en hjernesvulst eller tumor. Denne skal detekteres med en threshold funktion, som skal finde pixel-værdier, som er lysere end et reference område. Til slut beregnes størrelsen af det markerede areal som et mål for tumorens størrelse.

Instruktioner:

• Hent Tumor.dcm
• Lav en celle med flg. overskrift:
  • %% Indlæs dicom billede + info
  • Gem dicom billedet i variablen im - brug dicomread funktionen
  • Gem dicom info i variablen info - brug dicominfo funktionen
  • Beregn voxel størrelsen som produktet af info.PixelSpacing(1) og (2) samt info.SliceThickness
  • Lav im om til en double med værdierne 0 til 1
    • im = double(im)./max(max(double(im)));
• Lav en celle med flg. overskrift:
  • %% Skær hjernen ud
  • Lav først en maske, som indeholder hjernen
    • Lav en nulfyldt matrix med samme størrelse som im - brug funktionen zeros og size(im)
    • Find index på de pixler, som har en gråtoneværdi på over 0.2 og gem dem som idx
    • Sæt bw(idx) til 1. Plot bw med imshow.
    • Brug en open funktion til at fjerne hjerneskallen:
      • Lav et string element kaldet sel og sæt det til en skive med diameteren 7:
        • sel = strel('disk',7);
      • Udfør en open operation på bw med imopen funktionen:
        • hjernemaske = imopen(bw,sel);
      • Plot hjernemasken med imshow - iagttag forskellen på bw og hjernemasken
    • Sæt hjerne til at indholde element produktet (.*) af im og hjernemaske
• Lav en celle med flg. overskrift:
  • %% Marker raskt område med et ROI og udregn middel + sd i dette område
  • Vis hjerne med imshow
    
  • Dan en roi, kaldet normalt, med funktionen impoly
    • Klik punkt for punkt. Afslut ved dobbeltklikke.
  • Lav roi'en om til en maske med funktionen createMask og gem den i variablen normalmaske
  • Sæt idx til at indeholde de pixels i normalmaske, som overstiger nul:
    • idx = find(normalmaske);
  • Beregn middelværdi (m) og standard deviation (sd) med hhv. mean og std funktionerne på im(idx).
• Lav en celle med flg. overskrift:
  • %% Find pixelværdier over m + 4*sd
  • Sæt idx til at indeholde pixelværdier i hjerne variablen med en pixelværdi på over m+4*sd
    
  • Sæt variblen tumor til at være lig im
  • Sæt tumor(idx) til at være 1.
  • Vis tumor med imshow
  • Beregn tumor størrelsen ved at gange længden af idx variablen med VoxelSize. Dette giver størrelsen i kubikmillimeter - den konverteres til det mere anvendte ml ved at dividere med 1000.
  • Sæt titlen på billedet til Tumorstørrelse = xx.xx ml:
    • title(sprintf('Tumorsize = %2.2f ml',TumorSize));
• Gem scriptet som Tumor.m